Een stamceltransplantatie heeft gevolgen op korte en lange termijn. De neveneffecten op korte termijn zijn in grote mate dezelfde als van een zware chemotherapie. Omdat het risico op infectie erg groot is, moet je na een stamceltransplantatie een tijdlang in een steriele kamer blijven.
Op lange termijn is het belangrijkste probleem dat kan voorkomen na een allogene stamceltransplantatie de graft-versus-hostziekte (GVHD). Afweercellen uit de getransplanteerde stamcellen vallen dan je organen en weefsels aan, met huidproblemen, ernstige diarree, of schade aan lever of longen tot gevolg. Om die aanvalsreacties tegen te gaan, krijg je medicijnen die de afweer onderdrukken.