Chemotherapie tast ook gezonde cellen aan. Daardoor kun je te maken krijgen met bijwerkingen als vermoeidheid, misselijkheid en braken, verlies van eetlust, een ontstoken mond, meer kans op infecties door te weinig witte bloedcellen, een doof of slapend gevoel of tintelingen in handen en voeten, haarverlies. Niet iedereen heeft evenveel last. De bijwerkingen hangen onder andere af van de dosis en de duur van de behandeling en van individuele gevoeligheid. Om klachten zoals misselijkheid en braken tegen te gaan, start de arts meestal preventief al de gepaste medicatie op. Als het nodig is, kan die in de loop van de behandeling nog aangepast worden.
Na de behandeling verdwijnen de meeste bijwerkingen. Bepaalde bijwerkingen kunnen wel maanden of jaren voelbaar blijven, zoals vermoeidheid, concentratieproblemen of een doof gevoel in handen en voeten. Meld bijwerkingen altijd aan je behandelend arts die je raad kan geven hoe je er het best mee kunt omgaan.