Bij een MRI lig je in een smalle tunnel die voor- en achteraan open is, en goed verlicht en verlucht. Het MRI-toestel maakt relatief veel lawaai. Het maakt harde, kloppende geluiden waardoor je oordopjes en/of een koptelefoon krijgt om het ongemak te verminderen. Het onderzoek kan tot een uur duren, dat hangt af van het te onderzoeken lichaamsdeel.
Heb je een prothese, stents, een cochleair implantaat, een metaalsplinter in je oog of je hersens, andere vreemde objecten in je lichaam of tattoos (er zit metaal in sommige inkten)? Meld dat dan aan je arts. Omdat de scanner een krachtige magneet is, zul je mogelijk geen MRI kunnen krijgen als je metalen voorwerpen zoals een pacemaker in je lichaam hebt. Een tandbeugel, knie- of heupprotheses, stents of tattoos vormen normaal geen probleem.