Of en welke bijwerkingen je krijgt, hangt onder andere af van de soort immunotherapie en van je individuele gevoeligheid. Soms heb je geen of weinig bijwerkingen, maar soms is een ziekenhuisopname nodig voor opvolging en behandeling. De bijwerkingen zijn te wijten aan je harder werkend immuunsysteem. Dat kan bijvoorbeeld leiden tot een gestoorde schildklierwerking, een leveronsteking, diarree en kortademigheid.
Je arts of een verpleegkundige geeft je op voorhand uitleg over mogelijke bijwerkingen. Het is bij immunotherapie erg belangrijk dat je alle bijwerkingen meteen signaleert. Sommige worden ontdekt door de regelmatige bloedonderzoeken tijdens de behandeling. Als je er op tijd bij bent, zijn de bijwerkingen meestal goed te behandelen.