Er zijn twee grote soorten slokdarmkanker, afhankelijk van hoe de tumorcellen er onder de microscoop uitzien: plaveiselcelcarcinoom en adenocarcinoom. Zij komen in België ongeveer even veel voor.
Een plaveiselcelcarcinoom ontstaat in de cellen aan de binnenwand van de slokdarm: de plaveiselcellen. Die vormen de bovenste laag van het slijmvlies in de slokdarm. Dat type slokdarmkanker ontstaat meestal in het bovenste of middelste derde van de slokdarm. Een plaveiselcelcarcinoom wordt ook spinocellulair carcinoom genoemd.
Een adenocarcinoom ontstaat meestal in het onderste deel van de slokdarm, waar de plaveiselcellen vervangen worden door een weefsel met cellen die lijken op de cellen van de maag (Barrett-slokdarm).
Een adenocarcinoom kan ook ontstaan op de overgang van slokdarm naar maag. Artsen noemen dat de cardia of de maagmond en een kwaadaardige tumor op die plaats dus een cardiatumor. Afhankelijk van de precieze plaats van de tumor (dichter bij de maag of dichter bij de slokdarm) wordt een cardiatumor behandeld als maagkanker of als slokdarmkanker.
