Zoals elke vaccinatie kan ook HPV-vaccinatie een aantal bijwerkingen veroorzaken: 8 op de 10 krijgt last van pijn rond de prikplek en spierpijn in de bovenarm. Sommigen hebben last van pijn, jeuk, een rode huid of een verdikking op de prikplek. Ook buikpijn, misselijkheid, moeheid, hoofdpijn of koorts komen voor, maar de meeste klachten zijn mild en gaan vanzelf weer weg. Net als bij andere vaccinaties vallen sommige jongens en meisjes (bijna) flauw. Meestal komt dat door de spanning van het vaccineren en niet door wat er in het vaccins zelf zit.
De vaccins worden ook afgeraden voor zwangere vrouwen, maar dat is voor de meeste medicijnen het geval.
Het is uiteraard belangrijk dat er ook gewaakt wordt over eventuele bijwerkingen op lange termijn. Uit het onderzoek dat tot nog toe werd gevoerd, blijkt voorlopig niet dat er bijwerkingen zijn op lange termijn. Het spreekt vanzelf dat men moet blijven toezicht houden op alle mogelijke bijwerkingen, zowel op lange als op korte termijn. Daarom is het belangrijk dat je, als patiënt, eventuele nieuwe bijwerkingen van medicijnen aan je arts meldt.